Pemilihan Sistem Operasi dan Aplikasi Pemodelan Molekul

Salah satu alat vital bagi pemodel molekul untuk melakukan tugasnya adalah komputer yang didalamnya terinstall aplikasi-aplikasi yang diperlukan. Sejauh ini sebagian besar aplikasi-aplikasi untuk pemodelan molekul dikembangkan oleh komunitas akademik dan platform yang digunakan adalah sistem operasi open source, yaitu UNIX/LINUX. Memang beberapa aplikasi sudah bisa digunakan baik di LINUX maupun Windows, sistem operasi yang masih banyak digunakan di Indonesia, namun sebagian besar aplikasi tersebut tidak gratis dan cukup mahal. Beberapa aplikasi gratis dan dapat digunakan dengan sistem operasi Windows adalah PyMol (visualisasi molekul), ArgusLab (docking), VMD (visualisasi molekul), dan NAMD (simulasi dinamika molekul). Namun, berdasar pengalaman, aplikasi "gratis" yang digunakan dengan sistem operasi Windows memakan waktu lebih lama dan lebih sering terjadi error dibanding digunakan dengan sistem operasi Ubuntu (LINUX), dengan komputer yang sama. Kelebihan aplikasi-aplikasi yang digunakan dengan sistem operasi Windows biasanya adalah lebih "user-friendly". Saat ini, perkembangan sistem operasi LINUX distro Ubuntu sudah mencapai tahap "user frendly". Namun untuk aplikasi perkantoran (office), acapkali pengguna lebih senang mengunakan MSOffice keluaran Microsoft.
Aplikasi berbayar yang bisa dijalankan dengan stabil baik di sistem operasi LINUX maupun Windows sudah beredar di pasaran dan sangat membantu dalam pemodelan molekul. Contohnya adalah Molecular Operating Environtment (MOE) dan SYBYL . Kelebihan dari aplikasi-aplikasi tersebut adalah user-friendly dan mencakup hampir semua aspek dan metode terkini di pemodelan molekul. Kelemahannya adalah: Mahal! Untuk MOE setidaknya harus disiapkan sebesar US$ 2000/tahun untuk bisa memperoleh dan memperpanjang lisensi hanya untuk satu komputer riset. Hal itu belum termasuk hardware yang harus memenuhi spesifikasi tertentu. Memilih memakai aplikasi berbayar sangat mereduksi waktu dan biaya untuk mempelajari aplikasi tersebut. Jika sebuah grup riset yang terdiri dari farmakolog, kimiawan organik, dokter ataupun apoteker yang hampir tidak pernah bersentuhan dengan script ataupun coding, dan ingin memanfaatkan sentuhan pemodelan molekul (serta ada dana besar untuk riset) dalam risetnya, maka aplikasi berbayar lebih direkomendasikan. Bagi riset grup yang ingin memanfaatkan sentuhan pemodelan molekul dan ingin menghemat dana (ataupun dana riset diprioritaskan untuk hal lain) namun memiliki personil dengan energi berlebih untuk belajar script dan coding serta memiliki hasrat untuk belajar hal yang baru, maka aplikasi tidak berbayar sangat dianjurkan. Hal ini disebabkan oleh aplikasi-aplikasi tidak berbayar biasanya berdiri sendiri dan memiliki peruntukan khusus, sehingga untuk setiap metode biasanya diperlukan aplikasi tersendiri yang berarti juga belajar hal baru untuk setiap aplikasi. Terkait dengan pengembangan sumber daya manusia, hal tersebut dapat dimasukkan dalam kategori investasi yang mahal juga.

Department of Pharmacochemistry di Vrije Universiteit Amsterdam merupakan contoh yang unik terkait pemilihan sistem operasi dan aplikasi yang digunakan. Di divisi drug design and synthesis, sistem operasi Windows lebih disukai dan MOE (aplikasi berbayar) merupakan aplikasi utama yang digunakan di divisi ini. Pertimbangannya adalah grup ini membutuhkan hipotesis dan saran rasional yang cepat untuk segera diaplikasikan dalam sinthesis dan uji farmakologi terkait penemuan obat. Waktu sangat berharga bagi grup ini. Di lain pihak, divisi computational medicinal chemistry and toxicology di departemen yang sama memilih menggunakan sistem operasi LINUX distro Debian dan aplikasi simulasi dinamika molekul GROMOS karena grup ini mengutamakan pengembangan metode dinamika molekul untuk menjawab dan menjelaskan masalah toksisitas obat. Personil di grup ini memiliki latar belakang kimia ataupun fisika teoretis yang kuat dan kemampuan programming yang memadai. Pemilihan sistem operasi dan aplikasi utama yang dipilih untuk sebuah riset grup ditentukan oleh dana yang tersedia, personil dan arah penelitian yang dituju oleh grup riset tersebut.